Мирное разрешение кризиса удовлетворило не всех. Смещение Хрущёва несколькими годами позже можно частично связать с раздражением в Политбюро ЦК КПСС относительно уступок Соединённым Штатам, сделанных Хрущёвым, и его неумелым лидерством, приведшим к кризису.

Коммунистическое руководство Кубы расценило компромисс как предательство со стороны Советского Союза, поскольку решение, положившее конец кризису, было принято исключительно Хрущёвым и Кеннеди. 

Некоторые военачальники США также были недовольны результатом. Так начальник штаба воздушных сил США генерал ЛеМей назвал отказ от атаки Кубы «наихудшим поражением в нашей истории».

По окончании кризиса аналитики советских и американских спецслужб предложили установить между Вашингтоном и Москвой прямую телефонную линию (т. н. «красный телефон»), чтобы в случае кризисных ситуаций у лидеров сверхдержав была возможность немедленно связаться друг с другом, а не пользоваться телеграфом.

Историческое значение

Кризис стал переломным моментом в ядерной гонке и «холодной войне». Было положено начало разрядки международной напряженности. В западных странах началось антивоенное движение, пик которого пришёлся на 1960-е — 1970-е годы. В СССР также стали раздаваться голоса, призывающие к ограничению гонки ядерных вооружений и усилению роли общества в принятии политических решений (в частности, с таким заявлением выступил один из разработчиков советского ядерного оружия академик А. Д. Сахаров).

Невозможно однозначно утверждать, стало ли удаление ракет с Кубы победой или поражением Советского Союза. С одной стороны, план, задуманный Хрущёвым в мае 1962 года, не был доведён до конца и советские ракеты уже не могли обеспечить безопасность Кубы. С другой, Хрущёв добился от руководства США гарантий[каких?] ненападения на Кубу, которые, несмотря на опасения Кастро, были соблюдены и соблюдаются по сей день. Через несколько месяцев американские ракеты в Турции, по словам Хрущёва спровоцировавшие его на размещение оружия на Кубе, были также демонтированы. В конце концов, благодаря техническому прогрессу в ракетостроении, отпала необходимость размещения ядерного оружия на Кубе и в Западном полушарии вообще, поскольку через несколько лет Советский Союз уже имел достаточно межконтинентальных ракет, способных поразить любой город и военный объект в США непосредственно с территории СССР.

Сам Хрущёв в своих мемуарах так оценил итоги кризиса: «Сейчас прошло уже много лет, и это является уже областью истории. И я горд за то, что мы проявили мужество и дальновидность. И я считаю, что мы выиграли»[28].

Мы, товарищи, поставили ракеты, ракеты средней дальности на Кубе. Почему мы их поставили, что нас заставило поставить? Мы рассуждали так, что Кубу американцы терпеть не могут, они это прямо говорят, что могут сожрать Кубу. Я вот с военными говорил, с маршалом Малиновским. Я спросил: если бы мы были на месте Америки, взяли для себя курс сломить такое государство, как Куба, сколько бы нам надо было, зная наши средства? — Максимум три дня, и руки помыли бы.

Товарищи, с этим надо считаться, потому что именно Америка эти возможности тоже имеет. Поэтому мы считали, что Кубу можно спасти, только на Кубе поставив ракеты. Тогда тронешь, так ежик клубком свернется, и не сядешь. (Смех.) Видимо, пробовали когда-то. (Смех.) Вот эти ракеты вроде иголок ежика, они обжигают. Когда мы принимали решение, мы долго обсуждали и не сразу приняли решение, раза два откладывали, а потом приняли решение. Мы знали, что, если поставим, а они обязательно узнают, это шок у них вызовет. Шутка ли сказать, у крокодила под брюхом ножик! […]

В результате переписки мы вырвали у президента США заявление о том, что он тоже не думает вторгаться. Тогда мы сочли возможным сделать заявление, что мы тогда тоже считаем возможным удаление наших ракет и Ил-28.

Было это уступкой? Было. Мы уступили.

Была уступка со стороны Америки? Было дано публичное слово не вторгаться? Было. Так кто же уступил и кто не уступил?

Мы никогда не говорили, что мы будем вторгаться в другую страну. Америка говорила, что она не потерпит на Кубе революционного кастровского режима, и потом она отказалась. Значит, ясно, что другая сторона взяла на себя обязательство то, которое оно не признавала до постановки наших ракет на Кубе. Так?

ГОЛОСА: Так. (Аплодисменты.)

ХРУЩЕВ: Сейчас есть умные, а умных, когда пройдет опасность, всегда больше, чем в момент опасности. (В зале смех.) […]

А если бы мы не уступили, может быть, Америка больше уступила? Может быть, и так. Но это могло быть похоже на детскую сказку, когда два козла встретились на перекладине перед пропастью. Они проявили козлиную мудрость, и оба упали в пропасть. Вот в чём дело.

— Из заключительного слова Н. С. Хрущева на пленуме ЦК КПСС 23 ноября 1962 года